總的來看，“政教合一制”無論是哪種具體表現形式，都是政權與教權的不可分離。有時，它或者更多地傾向于政權利用教權（宗教意識）以維護政權的穩定；有時，它或者更多地傾向于教權（宗教意識）利用政權來謀求教權的實現，但不管何者更為側重，政教都是一體的，也就是說政權與教權是互為前提的，其得以聯合的根本，即兩者暫時妥協的現實基礎在于特定的政權與教權在一定范圍內的終極利益是一致的。其本質，是以宗教為手段實行少數人對多數人的壓迫。
從宗教的形態來看，主要有兩種存在，即自然的宗教和人為的宗教。自然宗教是人類在早期歷史中，由于生產力的落后，人們在認識自然和改造自然的過程中，對一些不可解的自然力量產生神秘的想象，并歸結于人之外的力量使然，而這種一開始即排除人本身可能性的認識的初步觀念化，即為早期的人類宗教，也就是自然宗教。這種純粹意義上的自然宗教，在人類文明發展的今天，已很難有拓展的空間。
至于人為的宗教，則是在人類文明進一步發展的過程（包括自然宗教）中產生的。人類歷史上的“政教合一制”中的教權載體大多是人為的宗教。在自然宗教產生之后，隨著人類社會的進步，人們對自然力的認識和掌握進一步深入，“人”的力量得到一定的肯定和張揚，單個的人結合成群體的人，群體的人以單個的人的存在為基礎，并且這種結合的存在是以人對自己的有意識的認識為前提的。但由于自然本身的無限性（包括對社會關系的不可把握）和人的有限性，人們對自然和人本身仍無法完全解釋，神秘性思維依然一定程度上支配著人的活動，由之，或出于政治的現實目的，或出于人對神秘性的不可掌握的無助感，人為宗教隨之產生。不過，純粹意義上的宗教概念，已經發生了意義轉變，除了最初的絕對神秘性盲從外，還有不同的理念、觀念、人對世界解釋角度及道德約束、人類自律等方面的意義。由于人們對人自己能力的認識既有肯定的一面，也有否定的一面，因此，人為的宗教又分為兩種，一種是在對宗教消極意義上的人為宗教，一種是在對宗教積極意義上的人為宗教。其與政權的關系，也就相應地分為人為的消極政教關系和人為的積極政教關系。
前者的政權有時只選定一種宗教作為教權的載體而排斥其他宗教，表現出了明顯的“政教合一制”特征，如大多數的伊斯蘭政教體即是如此。在這一政教關系中，伊斯蘭教在政權實施中被權定為是唯一的信仰，并成為政權調整人與人之間各種關系和人們自己調節各種關系的唯一規范。有時，在消極政教關系中，政權也并不排除宗教信仰的自由性，但其政權在根本上對宗教對自我的否定（自我能力的否定）是持肯定態度的，因此，其政權的維系雖然不依賴于特定的宗教，但在對人的自我否定上與宗教對人終極的否定是相一致的，如基督教之于西方某些政權即是如此。不過，這一政權形式中，政教已不具有“政教合一”的外部明顯特征，但在意識表現上，人對自然始終是無能為力的，人性受制于神性。至于積極的人為政教關系，則在提倡宗教信仰自由的同時，對自我持肯定態度，即肯定人對自然是可最終把握的，根本沒有神性的存在，任何不可知的神秘性都是暫時性的。由此可以看出，消極人為政教關系和積極人為政教關系的根本區別在于對人本身的最終否定或肯定的態度。而在積極人為政教關系中，如果政權本身仍是少數人對多數人的剝削統治，那么其宗教也不是純粹的，甚至是更為野蠻的；只有站在人類解放的立場，也就是打破少數人對多數人的剝削，實現人的真正全面自由的政權中，宗教才僅僅成為宗教。
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